L'institut Baguer dispose d'une infirmière et d'une aide-soignante, qui accueille les enfants en cas de besoin durant la journée.

Les troubles légers sont pris en charge dans la salle de soins par l'infirmière et/ou le médecin présent. Une chambre permet à l'enfant de se reposer si cela est nécessaire. Le personnel informe la famille et l'éducateur référent de l'enfant.

En cas de traumatisme ou autres maux plus graves, la famille est appelée immédiatement et un transport à l'hôpital peut être préconisé avec l'assistance de l'équipe médicale de l'institut.